...ale slibný hospodářský vývoj přerušila třicetiletá válka. V roce 1631 byl Osek šest týdnů hlavním stanem saského vojska. V roce 1640 vtrhli do kláštera švédští žoldnéři generála Johanna Banéra. Mnichům se podařilo utéci do lesa, ale klášter, Starý Osek, Hrdlovka, Háj, Křižanov, Verneřice a další vesnice byly vypleněny.
Když se po třicetileté válce ujal svého úřadu opat Vavoinec Scipio (1650-1691), musel čelit velmi složitým obtížím. Počet řádových bratří poklesl, pokladna byla vyčerpána, klášterní budovy byly poškozeny a poddaní jednak ubyli, jednak zchudli. Aby se osada (pozdější Nový Osek) rozrůstala, podporoval opat usídlování řemeslníků v okolí kláštera. Kulturní a hospodářský rozmach pak nastal za opata Benedikta Littwericha (1691-1726). Panství tehdy tvořilo 26 vesnic, nicméně jeho hospodaření podvazovaly neustále kontribuce a mimořádné daně. Přesto se opat Littwerich snažil opatřit především obyvatelům klášterní osady slušnou obživu. "
" Za sedmileté války, 18. listopadu 1759, vydrancovali klášter Prusové, a když řeholníci nebyli schopni zaplatit požadovanou kontribuci, odvlekli vojáci dvanáct rukojmí v čele s převorem do Německa. Odtud se zajatci vrátili, až na jednoho, který mezitím zemřel. Existenční ohrožení přinesla klášteru také léta vlády císaře Josefa II. Jen obratný postup opata Mauritia Elbele zachránil řeholnickou komunitu před zrušením. V roce 1785 došel příkaz snížit počet členů řádu z padesáti na osmnáct. Josef II. pak 20. listopadu 1786 potvrdil všechna řádová privilegia. Postavení kláštera se tak upevnilo. Významně zde zapůsobila skutečnost, že někteří osečtí řeholníci vyučovali po zrušení jezuitského řádu na gymnáziu v Chomutově.
Klášterní komunita působila jako středisko kultury a vzdělanosti. To se projevilo v blahodárném rozvoji místního školství. Při samotném klášteře existovala škola odedávna a vyučovalo se v ní čtení, psaní a počítání. Pro obecnou školu dal v roce 1749 postavit ve Starém Oseku novou budovu opat Kajetán Březina z Birkenfeldu. Po mnoha desetiletích dal roku 1836 postavit další školní budovu, tentokráte pro dívky, opat Salesius Krügner. Jeho nástupce Klement Zahrádka, svěřil nově zřízený hospitál sv. Klementa řádovým sestrám sv. Karla Boromejského, které vyučovaly dívky ve zvláštní učebně ručním pracím. Po polovině 19. století pak založil opat Athanasius Bernhard soukromou školu pro dívky a její vedení svěřil opět řádovým sestrám sv. Karla Boromejského." Konec citace.